继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
《X档案》第五季将科幻悬疑推向新高度，原班主演的化学反应与叙事野心交织出复杂图景。大卫·杜楚尼与吉莲·安德森的对手戏突破常规探员关系框架，穆德从偏执追寻者转变为策略家，史考莉则在科学理性与母性直觉间挣扎，角色弧光充满张力。客串编剧的加入带来新鲜视角，如第13集《Bad Blood》以“坏血”双关命名，既指向吸血鬼案件的生理恐惧，又暗喻主角信任裂痕，获得9.4分高分印证其叙事成功。
剧情主线延续殖民阴谋核心设定，未完全改造的外星混血种反抗“辛迪加”组织的设定拓展了世界观深度。史考莉被摘除子宫后却出现女儿艾蜜莉的谜团，巧妙衔接电影宇宙线索，使个人命运与宏大阴谋形成互文。制作团队引入科幻小说家操笔的两集剧本，在保持悬疑基调同时注入哲学思辨，而单集喜剧元素的穿插调节了观剧节奏，展现类型突破勇气。
季终“吸烟人”焚毁X档案的场景堪称神来之笔，卷宗灰烬中既宣告真相的暂时湮灭，又暗示抗争火种的永续传递。这种开放式结局打破传统悬疑套路，将解谜过程升华为对体制压迫的隐喻批判。尽管部分支线如象棋神童案因节奏失衡引发争议，但主线与支线的网状交织仍体现编剧掌控力。
相较于前几季单纯的猎奇探索，本季更注重情感锚点塑造。穆德前女友的回归不仅制造三角关系戏剧冲突，更成为窥探主角内心脆弱性的窗口。当史考莉面对艾蜜莉身世时的犹豫，与穆德执着追查外星人时的孤勇形成镜像对照，揭示人类在未知面前永恒的矛盾姿态。那些关于基因开关、克隆替身等超前设定，至今仍显先锋性。作为承前启后的季度，它既完成电影联动使命，又为后续故事埋下精妙伏笔。